Kommuneoverlegen er rådgiver innen helse- og legetjenester (medisinskfaglig rådgiver), og samarbeider med legene og lederne i Omsorg, helse og velferd. Han har også oppgaver innen smittevern,  miljørettet helsevern, planarbeid og helsemessig beredskap.

Innen smittevern, skal kommuneoverlegen ha oversikt  over smittsomme sykdommer i kommunen og gi råd både til helsepersonell og befolkningen.

• Dersom noen har mistanke om at de har en smittsom sykdom, skal fastlegen kontaktes. Kommuneoverlegen tar imot henvendelser der det er mistanke om smittsom sykdom i skole og barnehager eller i sjukeheim. Tror en at smittsom sykdom har med mat å gjøre, er det mat-tilsynet som tar mot henvendelser.

Kommuneoverlegen fungerer som rådgiver for Teknikk og miljø om helseforhold ved drikkevann og avløp, og gir uttalelser til reguleringsplaner i saker som kan ha betydning for helse.

Om nødvendig kan kommuneoverlegen gjøre vedtak om tvangsundersøkelse etter Lov om psykisk helsevern.